中成藥作為慢性結(jié)腸炎的治療輔助手段，常常用于緩解癥狀、減輕炎癥、改善腸道功能等。臨床常用的包括四君子湯、阿膠糯米丸、健脾止瀉藥等。
黃連、黃芩、黃柏、連翹等中草藥具有清熱解毒、抗炎、抗菌作用，可用于緩解結(jié)腸炎癥狀。其配伍為四君子湯、阿膠糯米丸等復(fù)方中藥制劑，可用于調(diào)整腸道功能，促進(jìn)炎癥的愈合。此外，健脾止瀉藥如山楂、茯苓、橘紅等中藥可以通過(guò)調(diào)理腸道的運(yùn)動(dòng)和水分代謝來(lái)減輕腹瀉癥狀。
但除了中成藥外，西藥也很重要。例如，5-氨基水楊酸（5-ASA）類藥物如硫糖鋁、乙酰氨基酚等，可以通過(guò)減少炎癥細(xì)胞的活性、降低腸道黏膜的炎癥反應(yīng)來(lái)減輕癥狀。另外，糖皮質(zhì)激素類藥物如潑尼松、布地奈德等，可用于緩解炎癥，并在急性發(fā)作時(shí)起到較快的止痛和抗炎作用。